Laboratorium Fitokimia berada di Lantai 3 Kampus Arsyad Thalib Lubis. Laboratorium ini ditujukan untuk penetapan standarisasi spesifik dan non spesifik dari simplisia maupun dari produk-produk hayati dalam bidang kefarmasian, metabolit primer dan metabolit sekunder hasil metabolisme tumbuhan, cara ekstraksi simplisia dan isolasi bahan alami beserta identifikasi hasil isolasinya. Laboratorium Fitokimia menyediakan beberapa alat diantaranya rotary evaporator, furnace, destilator, soklet, DLL